C'est un pays essentiellement montagneux, composé principalement de moyennes montagnes. Maglic constitue le mont le plus haut, situé à la frontière du Monténégro, et culmine à 2383 mètres. Près de la moitié du pays est couvert de forêts, qui se trouvent surtout en Bosnie Centrale, dans la région de Sarajevo et au Sud-Est. Au Nord-Ouest et Nord-Est se dressent de grandes plaines fertiles, tandis que l'Herzégovine est composée de plateaux karstiques et méditerranéens au Sud-Ouest. De nombreux cours d'eau et lacs existent, permettant un développement du tourisme des sports nautiques.

Le pays est baigné par cinq grandes cours d’eau : la Save, qui constitue la frontière naturelle avec la Croatie, la Drina (rendue célèbre par le roman « Le pont sur la Drina » d’Ivo Andric), la Bosna (éponyme de la Bosnie), le Vrbas, la Una (qui a inspiré nombre de chansons) à l’ouest et la Neretva (qui arrose une région très fertile) au sud.

Les Chaînes dinariques (ou Dinarides) s’étirent du nord au sud du pays. Avec leurs étroits bassins tout en longueur, leurs vallées étirées et leurs gorges encaissées, elles confèrent à la Bosnie-Herzégovine sa physionomie particulière. Au nord, les Dinarides forment des pentes douces, alors que vers la mer Adriatique, elles présentent des falaises escarpées. Au nord, le massif se prolonge par le haut Karst bosniaque. La faune et la flore de Bosnie-Herzégovine sont particulièrement riches.